पीके फिल्म की थीम ही कुछ ऐसी है कि कुछ लोगों को यह चुभ गई है। फिल्म में धर्म के नाम पर हो रहे पाखंड को दिखाया गया है कि किस तरह कुछ लोग भोली-भाली जनता को बेवकूफ बना अपना उल्लू सीधा कर रहे हैं। इस फिल्म की जहां प्रशंसा हो रही है वही दूसरी ओर कुछ लोग इसे धर्म विरोधी बता रहे हैं। उनका मानना है कि यह फिल्म 'एंटी हिंदू' है। चूंकि फिल्म में लीड रोल निभाने वाले आमिर खान मुसलमान हैं इसलिए उनका भी विरोध हो रहा है।