वर्ष 1994 में सूरज बडज़ात्या ने अपने प्रिय अभिनेता सलमान खान को लेकर 'हम आपके हैं कौन' बनाई। इस फिल्म में सलमान के अपोजिट माधुरी दीक्षित थीं। पारिवारिक पृष्ठभूमि पर बनी इस फिल्म में सलमान और माधुरी की जोड़ी काफी पसंद की गई। फिल्म ने सफलता के नए कीर्तिमान स्थापित किए और ऑल टाइम ग्रेटेस्ट हिट्स में शुमार हो गई।
वर्ष 1999 में सूरज बडज़ात्या ने अपनी महात्वकांक्षी फिल्म 'हम साथ साथ हैं' का निर्देशन किया। इस फिल्म में सलमान खान, सैफ अली खान, मोहनीश बहल, तब्बू, सोनाली बेन्द्रे और करिश्मा कपूर ने मुख्य भूमिका निभाई थी। पारिवारिक पृष्ठभूमि पर बनी यह मल्टीस्टारर फिल्म भी सुपरहिट साबित हुई।
वर्ष 2003 में सूरज बडज़ात्या ने 'मैं प्रेम की दीवानी हूं' का निर्देशन किया। यह फिल्म उनके दादा ताराचंद बडज़ात्या के बैनर राजश्री प्रोडक्शन के तले बनी 'चितचोर' की रिमेक थी। 'मैं प्रेम की दीवानी हूं' में रितिक रोशन, अभिषेक बच्चन और करीना कपूर ने मुख्य भूमिकाएं निभाई थी, लेकिन यह फिल्म टिकट खिड़की पर बेअसर साबित हुई।
वर्ष 2006 में प्रदर्शित फिल्म 'विवाह' सूरज बडज़ात्या के करियर की एक और हिट फिल्म साबित हुई। इस फिल्म में शाहिद कपूर और अमृता राव ने मुख्य भूमिकाएं निभाई थी। इस फिल्म के बाद सूरज बडज़ात्या ने फिल्म निर्देशन करना बंद कर दिया। वर्ष 2007 में सूरज बडज़ात्या ने सोनू सूद और इशा कोपीकर को लेकर 'एक विवाह ऐसा भी' बनाई। यह फिल्म भी राजश्री बैनर तले बनी फिल्म 'तपस्या की रिमेक थी। हालांकि, 'एक विवाह ऐसा भी' को तपस्या जैसी कामयाबी हासिल नहीं हो सकी।
सूरज बडज़ात्या ने करीब आठ साल के बाद एक बार फिर से फिल्म निर्देशन के क्षेत्र में कदम रखा। सूरज बडज़ात्या सलमान खान को लेकर वर्ष 2015 में प्रदर्शित फिल्म 'प्रेम रतन धन पायो' बनाई। फिल्म में सलमान खान और सोनम कपूर ने मुख्य भूमिका निभाई थी। फिल्म ने 200 करोड़ से अधिक की कमाई की। वर्ष 2022 में सूरज बड़जात्या ने अमिताभ बच्चन, डैनी, अनुपम खेर, परिणीति चोपड़ा जैसे सितारों को लेकर फिल्म 'ऊंचाई' बनाई। सूरज बड़जात्या एक बार फिर सलमान खान को लेकर फिल्म बनाने की तैयारी कर रहे हैं।
