बजरंगी भाईजान की कहानी वी. विजयेन्द्र प्रसाद ने लिखी है। कहानी लिखने के बाद वे सबसे पहले राकेश रोशन से मिले। वे चाहते थे कि यह फिल्म रितिक रोशन को लेकर राकेश निर्देशित करें। राकेश को कहानी पसंद आई और वे रितिक को लेकर 'बजरंगी भाईजान' बनाने के लिए तैयार हो गए, लेकिन प्रसाद ने एक शर्त रखी दी।