क्रोएशिया में 1991 से 1995 के बीच आजादी की लड़ाई के दौरान मानजुकिच के माता-पिता को जर्मनी भेज दिया गया था। मानजुकिच ने 1992 में स्टटगार्ट के समीप जर्मन क्लब टीएसएफ डिजिंजेन के लिए खेलना शुरू किया। क्रोएशिया के 1995 में आजाद होने के बाद वे स्वदेश लौटे और उन्होंने 1996 से 2003 के बीच एनके मारसोनिया क्लब के लिए खेला।