नारायण पर आरोप था कि जहांगीरपुरा आश्रम में उसने 2002 से 2004 के बीच दो बहनों के सात कई बार बलात्कार किया। इस मामले में नारायण साईं के खिलाफ कोर्ट में 50 से ज्यादा गवाहों ने बयान दर्ज कराए थे। इनमें कई गवाह ऐसे भी थे, जिन्होंने आसाराम के बेटे नारायण को लड़कियों को अपनी हवस का शिकार बनाते हुए देखा था या फिर इस कृत्य में आरोपी की मदद की थी, लेकिन बाद में वे गवाह बन गए।
एफआईआर एफआईआर दर्ज होने के बाद नारायण भूमिगत हो गया था और पुलिस से बचने के लिए बार-बार अपनी लोकेशन बदल रहा था। दिसंबर, 2013 में नारायण को हरियाणा-दिल्ली सीमा के पास से गिरफ्तार किया गया था। नारायण पर जेल में रहते हुए पुलिस कर्मचारी को 13 करोड़ रुपए की रिश्वत देने का भी आरोप लगा था।
