नारायण पर आरोप था कि जहांगीरपुरा आश्रम में उसने 2002 से 2004 के बीच अपनी एक अनुयायी भक्त के साथ कई बार बलात्कार किया। इस मामले में नारायण साईं के खिलाफ कोर्ट में 50 से ज्यादा गवाहों ने बयान दर्ज कराए थे। इनमें कई गवाह ऐसे भी थे, जिन्होंने आसाराम के बेटे नारायण को लड़कियों को अपनी हवस का शिकार बनाते हुए देखा था या फिर इस कृत्य में आरोपी की मदद की थी, लेकिन बाद में वे गवाह बन गए।
