हालांकि इस फिल्म को लेकर एक विवाद भी खड़ा हो गया है। बीते दिनों ईसाई समुदाय ने 'जाट' के खिलाफ धार्मिक भावनाएं आहत करने काआरोप लगाया है। फिल्म में एक सीन में रणदीप हुड्डा को एक चर्च के अंदर खून-खराबा करते दिखाया गया है, जिसके बाद से फिल्म की आलोचना की जा रही है।
वहीं अब जालंधर के थाना सदर में सनी देओल, रणदीप हुड्डा, विनीत कुमार सिंह, निर्देशक गोपीचंद मालिनेनी और प्रोड्यूसर नवीन मालिनेनी के खिलाफ केस दर्ज हो गया है। सभी के खिलाफ धार्मिक भावनाओं को ठेस पहुंचाने के लिए बीएनएस की धारा 299 के तहत केस दर्ज किया गया है।
विकल्फ गोल्ड ने अपनी शिकायत में कहा था, कुछ दिन पहले सिनेमाघरों में जाट फिल्म रिलीज हुई। फिल्म में रणदीप हुड्डा ने हमारे ईसा मसीह और हमारे धर्म में इस्तेमाल की जाने वाली पवित्र चीजों का अनादर किया। रणदीप हुड्डा चर्च के अंदर प्रभु ईसा मसीह की तरह खड़े थे और हमारे शब्द आमीन का अनादर किया गया।