इसके अलावा केवी थॉमस को पार्टी हाईकमान ने सीपीएम के सेमिनार में जाने से मना किया था, लेकिन उन्होंने अनुशासन को तोड़ते हुए उसमें जाने का फैसला लिया। पार्टी की ओर से ऐसी ही रोक सीनियर नेता शशि थरूर पर भी लगाई गई थी, लेकिन वह उससे बंधे रहे।
ऐसे में केवी थॉमस को लेकर कांग्रेस की केरल यूनिट भी लगातार सवाल उठा रही थी। केरल यूनिट ने हाईकमान से उनके इस रवैये को लेकर शिकायत भी की थी, जिसके बाद हाईकमान ने उन्हें हिदायत दी थी कि वह सीपीएम की ओर से आयोजित हो रहे सेमिनार में हिस्सा न लें।