एक मार्च को मुख्यमंत्री पद की शपथ लेने के तत्काल बाद मुफ्ती उस वक्त विवादों में घिर गए थे, जब उन्होंने सफल चुनाव का श्रेय पाकिस्तान, सीमापार के तत्वों और हुर्रियत को दिया था। भाजपा के साथ गठबंधन सरकार बनाने वाले मुफ्ती ने कहा कि इस गठबंधन का मकसद लोगों का उत्थान करना और स्थायी शांति सुनिश्चित करने के लिए नियंत्रण रेखा के भीतर और उस पार विश्वास बहाली के कदम उठाना है।
भाजपा के साथ गठबंधन को लेकर पीडीपी पर निशाना साधने वाले पूर्व मुख्यमंत्री उमर अब्दुल्ला पर पलटवार करते हुए मुफ्ती ने कहा कि उमर को अटल बिहारी वाजपेयी की एनडीए सरकार के समय को याद करना चाहिए, जिसमें वह मंत्री थे। (भाषा)