पनगढ़िया ने तात्कालिक रूप से शिक्षा क्षेत्र में लौटने की बात कहकर अपने पद से इस्तीफा दिया है। वह पांच जनवरी, 2015 को नीति आयोग के उपाध्यक्ष बने थे। योजना आयोग के नीति आयोग के रूप में गठन के बाद वह इसके पहले उपाध्यक्ष बने थे। पनगढ़िया ने बताया कि 31 अगस्त उनका आखिरी कार्यदिवस होगा। इसके बाद वह अध्यापन के क्षेत्र में काम करेंगे। वह पहले भी अमेरिका के कोलंबिया विश्वविद्यालय में प्रोफेसर के तौर पर काम कर चुके हैं।