हनीप्रीत को 39 दिन की लुका-छिपी के बाद विशेष जांच दल (एसआईटी) ने गत तीन अक्टूबर को पंजाब के जीरकपुर क्षेत्र से बठिंडा निवासी सुखदीप कौर के साथ गिरफ्तार किया था। उसे चार अक्टूबर को अदालत में पेश किया गया जहां से उसे छह दिन के पुलिस रिमांड पर भेजने के आदेश दिए गए थे। उस पर राष्ट्रद्रोह तथा हिंसा भड़काने के मामले दर्ज हैं।
उल्लेखनीय है कि डेरा प्रमुख को गत 25 अगस्त को दो साध्वियों के यौन शोषण मामले में अदालत के दोषी करार देने के बाद गिरफ्तार कर हेलीकाप्टर से रोहतक की सुनारिया जेल ले जाने के समय हनीप्रीत उसके साथ गई थी। डेरा प्रमुख का हनीप्रीत को जेल में उसके साथ ही रहने का अनुरोध अस्वीकार किए जाने के बाद हनीप्रीत वहां से लापता हो गई थी।
डेरा प्रमुख की गिरफ्तारी के बाद पंचकूला और सिरसा में डेरा समर्थकों की बड़े पैमाने पर हिंसा, आगजनी और पुलिस गोलीबारी की घटनाओं में 40 से ज्यादा लोगो की मौत हो गई थी और 250 से अधिक ज्यादा घायल हो गये थे और अनेक सम्पत्तियों को नुकसान पहुंचाया था।