हालांकि मछलियों के मरने की वजह अभी तक साफ नहीं हो पाई है। स्थानीय लोग मछलियों की मौत का कारण प्रदूषण को मान रहे हैं। जानकारी के मुताबिक मृत मछलियों में ज्यादातर तिलपिया प्रजाति की हैं। यह भी माना जा रहा है कि यमुना में जलस्तर बढ़ने से सिल्ट (गाद) की मात्रा बढ़ गई है। इससे पानी में ऑक्सीजन की मात्रा कम हुई है। यही कारण है कि मछलियों की मौत हुई है।