बेदेकर ने मराठा शासक शिवाजी के शासन पर शोध किया था। वह मराठा इतिहास के विषय पर अपने वैज्ञानिक और विद्वतापूर्ण नजरिए के लिए जाने-जाते थे क्योंकि उन्होंने अरबी और उस अवधि के दौरान प्रचलित ‘मोदी’ लिपि का अध्ययन किया था ताकि अभिलेखागार से प्रामाणिक दस्तावेज हासिल कर उसका विश्लेषण कर सकें।