हालांकि सेना ने 6 अक्टूबर को ही घोषणा कर दी थी कि लेफ्टिनेंट जनरल नदीम अंजुम खुफिया एजेंसी ISI के प्रमुख होंगे, लेकिन सरकार ने इस पर अपनी मुहर नहीं लगाई थी। विवाद के बीच सूचना मंत्री फवाद चौधरी ने भी 12 अक्टूबर को कहा था कि ISI प्रमुख की नियुक्ति का अधिकार प्रधानमंत्री के पास है। निर्धारित प्रक्रिया के तहत ही यह नियुक्ति की जाएगी।