आतंकी संगठन अलकायदा ने जाकिर मूसा को अपना पहला आतंकी कमांडर बनाया है। बुरहान वानी की मौत और सेना की एनकाउंटर के बाद इस आतंकी संगठन में खलबली मच गई थी। खुफिया एजेंसियों के मुताबिक यह पहली बार है जब इस आतंकी संगठन ने कश्मीर के लिए अपने कमांडर की घोषणा की है। हिज्बुल मुजाहिदीन में कमांडर रह चुका मूसा चंडीगढ़ के इंजीनियरिंग कॉलेज से ग्रेजुएशन कर चुका है।
अपनी इंजीनियरिंग की पढ़ाई छोड़कर जाकिर हिज्बुल में शामिल हो गया था। जाकिर जिहादी साहित्य/बातों से काफी प्रभावित हुआ था। इसके बाद उसने आतंकी संगठन हिज्बुल मुजाहिदीन में शामिल होने का फैसला लिया था। मूसा हिजबुल से निकाल दिया गया था जब उसने हुर्रियत नेताओं को धमकी थी कि वह लाल चौक पर उनको काट देगा। बुरहान वानी की मौत के बाद जाकिर मूसा को हिजबुल का नया कमांडर बनाया गया था। मूसा समय-समय पर ऑडियो और वीडियो क्लिप जारी कर भारतीय मुसलमानों को उकसाता रहता है।