मलाइका के पिता पंजाबी हिंदू परिवार से थे। वह पंजाब के फजिका जिले के रहने वाले थे। अनिल अरोरा इंडियन मर्चेंट नेवी में काम करते थे। उन्होंने मलयाली क्रिश्चियन जॉयस पॉलीकार्प से शादी की थी। इनके दो बच्चे हुए- मलाइका और अमृता। जब मलाइका 11 साल की थीं, तब उनके माता-पिता का तलाक हो गया था।