नेपाल की राष्ट्रपति बिद्या देवी भंडारी, प्रधानमंत्री के पी शर्मा ओली और सत्तारूढ़ कम्युनिस्ट पार्टी ऑफ़ नेपाल के अध्यक्ष पुष्पकमल दहल ‘प्रचंड’ ने भी मुखर्जी के निधन पर शोक व्यक्त किया। राष्ट्रपति भंडारी ने ट्वीट किया, ‘नेपाल ने एक अच्छा दोस्त खो दिया।’ ओली ने ट्वीट किया, ‘मैं भारत के पूर्व राष्ट्रपति प्रणब मुखर्जी के निधन की खबर से बहुत दु:खी हूं।’ ओली ने कहा, 'हम उनके सार्वजनिक जीवन के कार्यकाल में नेपाल-भारत संबंधों को मजबूत करने में उनके योगदान को याद करते हैं।’ प्रचंड ने कहा कि दक्षिण एशिया ने एक बौद्धिक नेता खो दिया है।