आचार्य का बीते कई दिनों से जयपुर के सवाई मानसिंह सरकारी अस्पताल में उपचार चल रहा था, जहां उनका निधन हो गया। वे 80 साल के थे। शाह ने एक ट्वीट में कहा, श्रीपंचखंड पीठाधीश्वर आचार्य धर्मेन्द्र जी के निधन से दुखी हूं।
शाह ने कहा, सनातन परंपरा को आगे बढ़ाने व श्रीराम जन्मभूमि आंदोलन को जन-जन तक ले जाने में उनका अतुलनीय योगदान रहा। उनके विचार आने वाली पीढ़ियों को प्रेरित करते रहेंगे। मैं उनके अनुयायियों के प्रति संवेदना व्यक्त करता हूं। आचार्य धर्मेंद्र का मठ जयपुर के पास विराटनगर में है।(भाषा)