बताया जा रहा है कि ऑपरेशन सिंदूर के दौरान बहावलपुर में जामिया मस्जिद सुभान अल्लाह पर हमले में अजहर के परिवार के 14 लोग हलाक हो गए। इनमें उसका बेटा हुजैफा और बहू के साथ ही जैश सरगना की बड़ी बहन और उसका पति, एक भांजा और उसकी पत्नी, एक भांजी और परिवार के पांच अन्य बच्चे शामिल हैं। हमले में अजहर के एक करीबी सहयोगी और उसकी मां तथा दो अन्य करीबी साथियों की भी जान चली गई।
दरअसल, मसूद के मदरसे पर 4 मिसाइलें दागी गईं और इसके बाद पूरा परिसर तबाह हो गया। उस समय वहां मौजूद सभी लोग मारे गए। इस हमले में मसूद का भाई रऊफ के भी गंभीर रूप से घायल हो गया था। दावा किया जा रहा है कि इलाज के दौरान वह भी मारा गया।
1999 के कंधार विमान अपहरण कांड के बाद मसूद को छोड़ना पड़ा था। 24 दिसंबर 1999 को कुछ आतंकियों ने 178 यात्रियों के साथ IEC-814 प्लेन को हाईजैक कर लिया था। इसके बदले तीन आतंकियों को छोड़ा गया था। अजहर अप्रैल 2019 से कभी सार्वजनिक तौर पर नहीं दिखा है और माना जाता है कि वह बहावलपुर में किसी सुरक्षित जगह पर छिपा हुआ है।
कई बड़े आतंकी हमलों में शामिल था जैश : यह कुख्यात आतंकी समूह भारत में कई आतंकवादी हमलों में शामिल रहा है, जिनमें 2001 में संसद पर हमला, 2000 में जम्मू कश्मीर विधानसभा पर हमला, 2016 में पठानकोट में भारतीय वायुसेना के अड्डे पर हमला और 2019 में पुलवामा आत्मघाती हमला शामिल हैं।